Desenvolver actividades de investigação, experimentação e demonstração com vista à identificação e caracterização de pragas, agentes fitopatogénicos e infestantes, ao desenvolvimento de métodos de diagnóstico e de práticas conducentes à protecção integrada das culturas agrícolas e florestais, à realização de estudos epidemiológicos e de impacto dos produtos fitofarmacêuticos nos ecossistemas agrários, bem como à avaliação de resíduos em produtos agrícolas e à identificação e quantificação de organismos geneticamente  modificados.