O Instituto Nacional de Investigação Agrária (INIA) foi criado pelo Decreto-lei nº 539/74, de 12 de Outubro, tendo integrado, por despacho ministerial de 24 de Abril de 1975, os organismos de investigação e experimentação do Ministério da Agricultura.

Todavia, só após a publicação, em 28 de Maio de 1977, da Lei Orgânica do Ministério da Agricultura e Pescas e do Decreto Regulamentar nº78/77, de 25 de Novembro, se veio a formalizar a transferência dos referidos organismos.

Assim, pelo Decreto Regulamentar nº 78/77 de 25 de Novembro, transitaram para o Instituto Nacional de Investigação Agrária a Estação Agronómica Nacional (EAN), a Estação Zootécnica Nacional (EZN) e a Estação de Melhoramento de Plantas (ENMP), para além das restantes estruturas de investigação e experimentação do Ministério da Agricultura, entre as quais o Centro de Investigações Florestais, o Centro Nacional de Estudos Vitivinícolas, a Estação de Olivicultura, a Estação de Culturas Regadas, a Estação de Orizicultura, o Núcleo de Melhoramento do Milho da Estação Agrária de Braga, o Posto Experimental da Fataca e o Centro de Experimentação de Monte dos Alhos.

Com a saída da Lei Orgânica do INIA, em 1979 (Decreto Regulamentar nº 39-A/79, de 31 de Julho), passaram a constituir Serviços Operativos do Instituto, para além da EAN, da EZN e da ENMP, a Estação Florestal Nacional (EFN) e a Estação Vitivinícola Nacional, bem como outras estruturas de investigação do Ministério da Agricultura e Pescas, designadamente a Estação Nacional de Tecnologia de Produtos Agrários, o Departamento de Fruticultura, o Departamento de Regadio, o Departamento de Estudos de Economia e Sociologia Agrárias e o Departamento de Horticultura e Floricultura e os Centros Regionais de Investigação e Desenvolvimento existentes em cada uma das Regiões Agrárias.

Posteriormente, através do Decreto Regulamentar nº 44/81, de 6 de Outubro, são transferidas, para o Departamento de Fruticultura, todas as actividades de investigação e desenvolvimento experimental no domínio da fruticultura cometidas ao Centro Nacional de Estudos e Fomento da Fruticultura e criada a Estação Nacional de Fruticultura de Vieira Natividade (ENFVN).

Em 1983, no âmbito de nova reestruturação do Ministério da Agricultura, Pescas e Alimentação, o Instituto Nacional de Investigação Agrária passa a contemplar competências no âmbito da extensão rural, sendo designado por Instituto Nacional de Investigação Agrária e Extensão Rural (INIAER) e integrando, por Despacho Ministerial de 7 de Maio de 1986, o Laboratório Químico Agrícola Rebelo da Silva (LQARS).

Com o Decreto-Lei nº 310-A/86, Lei Orgânica do Ministério da Agricultura, Pescas e Alimentação, é extinto o Instituto Nacional de Investigação Agrária e Extensão Rural (INIAER) e criado o Instituto Nacional de Investigação Agrária (INIA) “com vista à clarificação do conteúdo da investigação agrária, libertando o organismo das actividades de extensão rural”. Para além de promover a elaboração e execução da política de investigação e desenvolvimento experimental para o sector agrário e agro-industrial, inclui, nas suas competências, a promoção, coordenação e implementação da formação profissional pós-graduada.

Através do Decreto-lei 5-A/88, de 14 de Janeiro, o INIA é, pela primeira vez, dotado de autonomia administrativa e financeira, reconhecendo a “elevada importância que a prestação de serviços à comunidade tem atingido, permitindo-se, por esta via, continuar um caminho de autofinanciamento”. É, igualmente, definida nova estrutura para os serviços do Instituto, passando a integrar estações nacionais de investigação e desenvolvimento experimental – as ENIDEs - e serviços nacionais de investigação e desenvolvimento experimental e de outras actividades científicas e técnicas – os SNIDEs, para além de três departamentos, e catorze unidades experimentais. 

Eram consideradas ENIDEs a Estação Agronómica Nacional, com sede em Oeiras, a Estação Zootécnica Nacional, com sede em Santarém, a Estação Florestal Nacional, com sede em Lisboa, a Estação Nacional de Melhoramento de Plantas, com sede em Elvas, a Estação Vitivinícola Nacional, com sede em Dois Portos, a Estação Nacional de Fruticultura Vieira Natividade, com sede em Alcobaça e a Estação Nacional de Tecnologia dos Produtos Agrários, com sede em Oeiras.

Integravam as SNIDEs o Centro Nacional de Reconhecimento e Ordenamento Agrário, com sede em Lisboa, o Centro Nacional de Protecção da Produção Agrícola, com sede em Oeiras e o Laboratório Químico Agrícola Rebelo da Silva, com sede em Lisboa.

Após novos processos de reestruturação da orgânica do Ministério, o INIA e o Instituto de Investigação das Pescas e do Mar (IPIMAR), através de um processo de fusão, passam, em 2002, a integrar o Instituto Nacional de Investigação Agrária e das Pescas (INIAP), cuja missão consistia em "prestar apoio científico e assessoria ao Governo nas áreas agro-rural e das pescas e do mar, no suporte à definição de políticas, e desenvolver actividades de investigação, desenvolvimento tecnológico e demonstração dirigidas ao melhoramento da produção, à defesa do património genético, preservação dos recursos e à disseminação do conhecimento pelos agentes económicos e actores sociais".

Através do Decreto-lei nº 209/2006, de 27 de Outubro, o INIAP é extinto e criado o Instituto Nacional de Recursos Biológicos I.P. (INRB, I.P.), em resultado da fusão do INIAP com o Laboratório Nacional de Investigação Veterinária (LNIV) e da integração das atribuições no domínio da investigação da Direcção Geral de Protecção de Culturas (DGPC). Foi ainda integrado no INRB, I.P. o Banco Português de Germoplasma Vegetal.

Através do Decreto-Lei nº 356/2007, de 29 de Outubro, foi publicada a Lei Orgânica do Instituto Nacional de Recursos Biológicos, I.P., bem como os respectivos Estatutos (Portaria nº 1416/2007 de 30 de Outubro). Neste novo Instituto, o Departamento de Investigação Científica Laboratório de Investigação Agrária (L-INIA) vem suceder ao anterior INIA.