A classificação é feita de acordo com um plano de amostragem segundo o qual são colhidas regularmente amostras de bivalves em 25 zonas de produção costeiras, estuarinas e lagunares costeiras, as quais são analisadas nos laboratórios do IPIMAR. O plano de amostragem é revisto e actualizado pelos laboratórios e técnicos envolvidos neste processo de amostragem e a amostragem é intensificada ou minimizada conforme as condições sanitárias de cada zona.