Para o estabelecimento da classe de cada zona de produção são usadas amostras de espécies indicadoras. Por espécie indicadora entende-se o molusco bivalve mais representativo de uma zona de apanha/cultivo, normalmente explorada comercialmente, sendo, por conseguinte, objecto de análise. Numa dada zona podem estar presentes outras espécies de bivalves, sendo nesse caso a classificação entendida apenas como indicativa do respectivo estado de salubridade. Para confirmar a sua classificação é necessário dispor de resultados do seu estado de salubridade.