Grupo de Investigação Produção de Peixes: Desenvolver estudos nos domínios da zootecnia, reprodução, sobrevivência larvar, nutrição e genética de peixes, avaliar o potencial de cultivo de novas espécies tendo em vista a diversificação da oferta, ensaiar novos sistemas de produção, nomeadamente em offshore, estudar as interacções da produção aquícola com o meio marinho para implementação de uma aquicultura ambientalmente sustentável, bem como transferir conhecimento para o sector produtivo.

Grupo de Investigação Produção de Bivalves: Tem como atribuição desenvolver estudos nos domínios da zootecnia, reprodução, nutrição e genética de bivalves, avaliar as potencialidades de cultura de novas espécies com interesse económico, ensaiar novos sistemas de cultivo, designadamente em offshore, estudar as interacções com o ambiente e promover a transferência de conhecimento para os agentes económicos.

Grupo de Investigação Sanidade: Estudar as patologias de maior incidência em aquacultura, sobretudo das entidades mórbidas emergentes, de forma a estabelecer o quadro nosológico do aquacultura nacional, aperfeiçoar a prevenção e o controlo das principais doenças, promover a profilaxia zoosanitária das explorações, bem como colaborar com a indústria de transformação dos produtos da pesca por forma a controlar os agentes zoonóticos transmitidos pelo pescado.