O IPIMAR encontra-se numa linha de continuidade dos estudos sobre o mar e os seus recursos vivos que remonta a 1919, quando foi criada a estação de Biologia Marítima em 10 de Maio desse ano, com sede no Aquário Vasco da Gama. Por sua vez, a criação desta Estação resultou das intervenções nacionais e internacionais que, por ocasião do XV Congresso de Medicina em Lisboa em 1906, salientaram a necessidade da existência em Portugal de um organismo vocacionado para o estudo do mar. Para impulsionar e concretizar esta intenção foi fundada a Sociedade Portuguesa de Ciências Naturais, cujo primeiro Presidente Honorário seria o Rei D. Carlos, dado o interesse e notória actividade científica desenvolvida pelo soberano no campo da oceanografia, biologia marinha e pescas.

Em 1951, a Estação autonomiza-se em Instituto de Biologia Marítima (IBM), separando-se do Aquário Vasco da Gama, e o seu primeiro director foi o Dr. Magalhães Ramalho. O IBM dependia directamente do Director-Geral de Marinha e destinava-se a centralizar as actividades anteriormente atribuídas à Estação de Biologia Marítima.

No 1º Governo Provisório de 1974 foi criada, a 5 de Junho, a Direcção Geral de Investigação e Protecção dos Recursos Vivos e do Ambiente Aquático (DGIPRA), órgão da Secretaria de Estado das Pescas, sob a tutela do Ministério da Coordenação Económica, que conglomerava as diversas atribuições ligadas ao sector das pescas até então sob a égide do Ministério da Marinha, nomeadamente a investigação das Pescas a cargo do IBM.

O Instituto Nacional de Investigação das Pescas (INIP), criado em 1977, sucedeu à DGIPRA. Embora esta Direcção Geral tenha agregado nos seus quadros os investigadores e técnicos das várias instituições que em Portugal desenvolviam os estudos de biologia marítima e pescas das ex-colónias, é sobretudo ao IBM que o INIP vai buscar as suas origens, a sua continuidade histórica e funcional e mesmo as próprias instalações que para aquele haviam sido projectadas.

Sucedeu-lhe, em 1992, o Instituto Português de Investigação Marinha (IPIMAR) dependente organicamente do Ministério da Agricultura e Pescas e, em 1997, o Instituto de Investigação das Pescas e do Mar, que manteve a mesma sigla IPIMAR.

Em 2002, o IPIMAR sofreu uma primeira fusão com o INIA, tendo dado origem ao Instituto Nacional de Investigação Agrária e das Pescas (INIAP) e, em 2007, ao IPIMAR e INIA junta-se o LNIV para formar o actual Instituto Nacional dos Recursos Biológicos (INRB).

O IPIMAR tem como principal missão promover actividades de investigação, experimentação e demonstração no domínio das ciências e tecnologias do mar, com destaque para os recursos pesqueiros, aquicultura, ambiente marinho e valorização do pescado, bem como apoiar a definição das políticas sectoriais e assegurar o apoio técnico e científico indispensável ao desenvolvimento e inovação dos sectores em que intervém. Neste contexto, coordena e participa num elevado número de projectos científicos com financiamento nacional e europeu, o que também lhe permite proporcionar formação avançada.

Representa o país em diversas organizações nacionais e internacionais da especialidade e, no âmbito da cooperação, tem um elevado número de protocolos, nomeadamente com países da União Europeia e de Língua Portuguesa.

Ao nível das infra-estruturas são de realçar os navios de investigação, os laboratórios nacionais de referência, a estação piloto de aquicultura, equipamentos científicos específicos e uma biblioteca com um importante acervo bibliográfico nas diferentes áreas de intervenção.

O IPIMAR divulga os resultados da sua actividade científica através de pareceres, em edições próprias e em artigos publicados em revistas científicas indexadas.